蓝藻即蓝藻门，又称蓝绿藻，是一门最原始、最古老的藻类植物，在地球上出现在距今35亿年至33亿年前。蓝藻的主要特征是：植物体简单，单细胞生物，各式群体和丝状体；细胞中无真核，但细胞中央含有核物质，通常呈颗粒状或网状，没有核膜和核仁，具有核的功能，故称其为原核生物。

蓝藻可以分为几十个种类，其中有一种叫微囊藻，它所产生的微囊藻毒素在自然界已知的毒素中排名第二，仅次于二噁英。同时，蓝藻还存在着许多危害，如蓝藻可以消耗水中的溶解氧，当蓝藻大量繁殖时，水中的溶解氧浓度也迅速降低，造成鱼虾、螺蛳等水生生物的死亡，使水体遭受污染。尽管是死亡的蓝藻，它在被细菌分解的过程中还是会产生毒素，同样污染水体。

河流湖泊中，蓝藻含量过高是否会对人体有影响，目前还没有明确的说法，但从实验结果来看，它对肝、脾都有一定的影响。而且蓝藻爆发的周边地区，其癌症爆发比例要比其他没受蓝藻污染的地方大。